יונתן, בנם של נואל ועומר, נולד ביום כ"ג ניסן תשמ"ב (16.04.1982) באי וייט, אי בריטי בתעלת למאנש (Isle of Wight). אח בכור לאדם, נטשה, קני ודן.
המשפחה עלתה לארץ והשתקעה בקיבוץ בארי. יונתן, שכולם קראו לו יוני ורק אימו קראה לו ג'יי ג'יי, היה הג׳ינג'י היחידי בין אחיו. כפעוט היה חמוד וסקרן אך גם שובב ועקשן, כיאה לג'ינג'י אמיתי. נואל סיפרה כי פעם יצא איתה לטיול שלוליות, ובמקום להיכנס עם המגפיים הוא פשוט נשכב במים הקרים והתגלגל מצחוק. שכנים שעברו שם דאגו שמא יתקרר, אבל לשניים זה לא הפריע, העיקר שיוני יהיה מרוצה ושמח. בגן למד יוני בכיתת ה"רולרולים", כינוי לילדים השובבים ביותר של הקיבוץ. בגיל שש עלה לכיתת "איריס", המשלבת גן עם כיתה א', בבית הספר המקומי בבארי. כשבגר והפך לנער, למד בתיכון של המועצה האזורית אשכול. לעיתים התקשה להסתגל למערכת החינוך ולעמוד בכללים המקובלים. אלכוהול, סיגריות, עגיל באוזן, תספורת קוצים – אלה היו רק חלק ממרד גיל הנעורים שלו. כששובץ לעבודה, כמו שאר חברי הקיבוץ, שובץ לעבודה הקשה בגן הירק, אך למרות זאת המשיך והתמיד בה. שם למד על מוסר עבודה. ליוני היה חוש הומור נפלא, סיפרו הוריו, ותכונתו זו גרמה להם הרבה נחת. הוא אהב לבלות שעות רבות עם החברים, ולא תמיד חזר הביתה בזמן. לעומת זאת, למשחקי הכדורגל היה מגיע בדיוק בזמן! הוא היה כדורגלן מחונן ושיחק בקבוצת הכדורגל של בית הספר. היה אוהד מושבע של קבוצות "מנצ'סטר יונייטד", ברצלונה ו"מכבי חיפה".
עם גיוסו לצבא שירת ביחידת מודיעין ביהודה ושומרון, בתקופת האינתיפאדה. הוא היה חייל טוב וקיבל תעודת "מצטיין נשיא". עם זאת, התקשה מאוד להשלים עם המראות שהיה עד להם. הוא לא סיפר בדיוק מה ראה, אך משפחתו אמרה שמשהו בו השתנה. הדברים אליהם נחשף הדהדו בו והשאירו בו חותם. לאחר שהשתחרר מהצבא יצא יוני לטיול הגדול לבדו. הוא תמיד היה סוליסט ולא רצה שותפים. הוא החל את מסעו בתאילנד, משם המשיך לטייל במקומות שונים וכשהגיע להודו התאהב בה. בהרי ההימלאיה התיידד עם משפחה מקומית, ובעקבותיו הגיעו למקום גם נטשה ודן אחיו. בוורנאסי למד לנגן בסיטאר, וגם כשחזר לקיבוץ הרבה לנגן בגיטרה ובסיטאר. מאז אותו טיול חזר לשם שוב ושוב, ובעשר השנים שבין גיל 20 ל-30 בילה בהודו כשנתיים במצטבר. בהודו פגש את אולה. היא מצאה חן בעיניו ויוני הציע לה להמשיך ולטייל איתו. כשסיימו לטייל הם חזרו יחד לישראל. כשלוש שנים גרו בני הזוג בשכונת עין כרם שבירושלים, ויוני מצא עבודה כרועה צאן באזור. כאדם חובב טבע, שקט ואוויר פתוח - העבודה הייתה מושלמת עבורו. כשאולה הייתה בהריון חזרו לגור בקיבוץ בארי. הם היו זוג שאהב את הפרטיות שלו, יצאו לטיולים בשטח, שמעו מוזיקה הודית. במאי 2014 נולד בנם יוסף, וכעבור שלוש שנים נולדה בתם אלומה. כעבור מספר שנים נפרדו בני הזוג, יונתן עבר תקופה קשה אך ילדיו היו לו למקור נחמה ומילאו אותו באושר. הוא היה גאה ביוסף - ילד נבון ושקט, ובאלומה - ילדה תוססת ומלאת חיים, היה אבא שהקפיד על גבולות והיה מעורב מאוד, גידל אותם באהבה ויחד איתם גידל את הכלבה, הצחיק אותם והתפעל מעצם קיומם. למרות שאהב את העצמאות שלו ואת הלבד שלו, תמיד דאג לבני משפחתו, הקרובים והרחוקים. ב-2015 נפטר אחיו קני. יוני אהב את החיים בקיבוץ והשתלב בעבודה בענף הנוי. הוא עבד בחריצות ובשקט, נסע בשבילי הקיבוץ בטרקטור ה"גייטור" שלו, עמוס בגזם או מוביל צמחים מהמשתלה. בעבודתו היה יד ימינם של המבוגרים, בני הגיל השלישי. הוא סייע להם לטפח את גינותיהם, עזר לשתול או לגזום, ובדרכו הביישנית דרש בשלומו של כל אחד והציע עזרה. במהלך השנים הלך והתמקצע בתחום הגננות. סיים מספר קורסים בגינון והתכוון להתחיל קורס באילנאות. היה לו ידע רב על עצים וצמחייה, ידע שצבר במשך שנים רבות ובתשוקה גדולה.
בשבת, כ"ב בתשרי, במהלך חג שמחת תורה תשפ"ד (07.10.2023), בשעה שש וחצי בבוקר פתח ארגון הטרור חמאס בירי טילים ורקטות מרצועת עזה לדרום ולמרכז ישראל. בשעות הבאות חדרו אלפי מחבלים את גדר הגבול מרצועת עזה למדינת ישראל והחלה מתקפה רצחנית על יישובי עוטף עזה, בהם קיבוצים ומושבים, ועל הערים הסמוכות שדרות, אופקים ונתיבות. המחבלים תקפו בסיסי צה"ל ורצחו כ-800 אזרחים בבתיהם, במכוניותיהם ובעת שבילו במסיבות, אחרי שביצעו בהם פשעים כבדים. החריבו, בזזו והעלו באש בתים ורכוש, חטפו לרצועת עזה מאות ישראלים – חיילים ואזרחים וכן עובדים זרים מהקיבוצים. למעלה מ-350 חיילים ושוטרים נפלו בטרם הצליחו כיתות הכוננות המקומיות וכוחות צה"ל להשתלט על השטח. בבוקר זה החלה מלחמה.
לקיבוץ בארי חדרו יותר ממאה מחבלים. עם הישמע האזעקות יוני התבצר בביתו, כמו שאר תושבי הקיבוץ, ונכנס לממ"ד עם ילדיו. במהלך המתקפה פרצו אליהם הביתה מחבלים. אימו נואל סיפרה שהיה בקשר איתה באותם רגעים וביקש שתשיג עזרה. לפני שהמחבלים נכנסו לממ״ד יוני, בתושייתו, אמר לילדים להיכנס מתחת למיטה, להיות בשקט ולא לצאת משם. בזכותו הילדים ניצלו, אך הוא נורה למוות. מעל ל-90 חברי קיבוץ נרצחו באותו יום ויותר מ-20 נחטפו לעזה.
יונתן (יוני) רפפורט נרצח על ידי מחבלים בביתו בבארי בכ"ב בתשרי תשפ"ד (07.10.2023), והוא בן ארבעים ואחת. הוא הובא למנוחות בקיבוץ עין גדי. הותיר אחריו שני ילדים, הורים ואחים. בתוכנייה השבועית שהפיק מועדון ה"מנצ'סטר יונייטד", קבוצה שיוני היה מאוהדיה מזה שנים, נכתב מאמר לזכרו. בכותרתו נכתב:" Rest in peace, Yonatan Rapoport".