בנם הבכור של מלכה ועמוס. יהונתן נולד בירושלים ביום י"ז בסיוון תשמ"ב (8.6.1982). אח בכור של משה יצחק, שרה ודוד אברהם.

יהונתן, שנקרא יוני בפי כל אוהביו, למד בירושלים. בגיל שלוש הוא החל ללמוד בתלמוד תורה "מורשה", המשיך לבית ספר יסודי "נעם" ולארבע שנות תיכון ב"ישיבה לצעירים" שליד מרכז הרב. כמעט בלי להתאמץ הוא הצליח מאוד בלימודיו, ותמיד בלט במוסריותו ובטוב ליבו – יהונתן הירבה לעמוד לצידם של ילדים עם קשיים חברתיים או קשיים בלימודים, ועזר להם ככל יכולתו.

גם בתיכון בלט יהונתן כתלמיד מוביל ועצמאי. מעבר ללימודים הוא התעניין מאוד במחשבים וכן העביר שעות בקריאת ספרים מכל סוג ובהאזנה למוזיקה. הוא גם הירבה לטייל בארץ, עם אחיו ועם חברים.

בהיותו בתיכון החל יהונתן לעצב את דרכו כנער מתבגר.

בתום י"ב החליט יהונתן להמשיך ל"בני דוד" בעלי - מכינה ישיבתית קדם-צבאית בה הוא למד שלוש שנים. "שם נבנתה מתוך בירור עמוק", סיפרו הוריו של יהונתן, "קומה רוחנית וזהות אישית מבוררת ומסודרת, ומתוך כך הגיע להחלטה שהוא רוצה להתגייס לשירות כמה שיותר משמעותי".

יהונתן בלט במכינה כתלמיד רציני ושקדן. במהלך לימודיו יהונתן הכין סיכומים מסודרים של כחמש-מאות שיעורים ששמע, ובתום לימודיו מסר עותק שלהם לראש הישיבה. במכתב פרידה מהמקום כתב: "המכינה נתנה לי חיים ... אני תפילה ותקווה שאמצא ראוי לצבוא צבא, אעשה מלחמה בכל כוחי ונפשי ואל יבושו בי שולחי".

יהונתן התגייס לצה"ל ב- 31/07/2003, בהיותו כבן עשרים ואחת. הוא התנדב ליחידת מגלן, יחידה קרבית מיוחדת, סיים בהצלחה את המסלול וכסמל הוביל את צוותו להישגים מיוחדים.

לקראת תום שלוש שנות שירות החובה החליט יהונתן, להפתעת הקרובים לו, לצאת לקורס קצינים. משסיים את הקורס בהצטיינות הוא שובץ, לבקשתו, בחטיבת הצנחנים, בגדוד 202. הוא קיבל מחלקה בעייתית אך עד מהרה הפך אותה למצטיינת, וכעבור זמן קצר נבחר כקצין מצטיין חטיבתי.

יהונתן אהב מאוד לטייל בארץ ובחו"ל, וכשקיבל חופשה במעבר בין תפקידים בצבא הוא יצא לטיול בתאילנד. במהלך הטיול הוא נפצע בתאונת אופנוע, אך למרות צליעה קלה שב לתפקוד מלא. תפקידו האחרון היה סגן מפקד פלוגת החוד בגדוד, בדרגת סגן.

יהונתן הוכיח את עצמו כמפקד מקצועי, שקול ואחראי, אשר מילא כל משימה שהוטלה עליו בצורה הטובה ביותר. תכונותיו הטובות, וביניהן טוב לב והיותו איש אמת בלתי מתפשר, בלטו לאורך כל שירותו: כחייל, ובעיקר כמפקד, הוא הירבה לעזור לחיילים בכל בעיותיהם, ובכל מצב האמת הייתה נר לרגליו. יהונתן מעולם לא הוציא דבר שקר מפיו, גם כששילם על כך מחיר אישי. הוא תמיד ידע ליטול אחריות על כל מעשיו, אך גם לא היסס להשמיע ביקורת כשצריך.

במהלך שירותו יהונתן נשא לאישה את ציונה (לבית חורי). בני הזוג התגוררו בקדומים שבשומרון, שם נולדה בשנת 2008 הבת מעיין.

בדצמבר 2008, יצא צה"ל למבצע "עופרת יצוקה" ברצועת עזה, שמטרתה לצמצם את הירי לעבר ישראל ולחזק את ההרתעה.

יהונתן נפל בקרב ברצועת עזה ביום י' בטבת תשס"ט (5.1.2009), במהלך המבצע. בן עשרים ושבע בנפלו. הוא הובא למנוחת עולמים בבית העלמין הצבאי בהר הרצל, ירושלים. הותיר אישה ובת, הורים, שני אחים ואחות.

אחרי נפילתו הועלה יהונתן לדרגת סרן.

במלאת שנה לנפילת יהונתן הפיקה משפחתו את הסרט "שנה איתך ובלעדיך", הניתן לצפייה ברשת האינטרנט. בסרט מתוארות תחנות חייו באומר ובתמונות ומספרים עליו בני משפחה, חברים, מפקדים וחיילים שלו.

יהונתן הונצח בכמה דרכים: בנה של אחותו שרה נקרא על שמו, וכך גם נקראו תינוקות נוספים. נכתב ספר תורה על שמו של יהונתן, במכינה בעלי נקראה כיתה על שמו, והוחלט על הענקת מלגות לימודים לילדים לזכרו.

יהי זכרו ברוך.