יהונתן, בנם של לימור ותומר, נולד ביום י"ז בטבת תש"ס (26.12.1999) בדרום קרוליינה, ארצות הברית. אח בכור לאלונה ונועם. בשנת 2002 בהיותו בן שלוש עלתה המשפחה לישראל. המשפחה התמקמה ברעננה למשך חמש שנים, אח"כ עברה ליישוב הר אדר, בו יהונתן גדל והתבגר. ב-2020 עברו ליישוב מבשרת ציון. יהונתן למד בבית הספר היסודי-ממלכתי "הר אדר" ואח"כ בחטיבת הביניים "היובל" ובתיכון "הראל", שניהם ביישוב מבשרת ציון.
בצבא הוצב בחיל התותחנים. במהלך שירותו עבר קורס מפקדים ושימש בתפקיד מפקד כיתה. יהונתן היה ילד יפה תואר וטוב לב שתמיד ראה את האחר והיה מוכן לעזור. כשהיה ילד קטן נהג לבקש בימי הולדת שתי שקיות ריקות, כדי להביא ממתקים גם לאחיו. וכשבגר מעט אסף אוכל לרעבים, תרם מכספו לדרי רחוב, פעמים רבות הרבה מעבר למה שיכל להרשות לעצמו, תוך שהוא יושב לידם ומקשיב לסיפורים שלהם. הייתה ליהונתן יכולת הקשבה יוצאת דופן והמון סבלנות, וכך אסף סביבו חברים ואוהבים רבים. מילדות הוא התאמן בתורת הלחימה "טקוואנדו". היה חבר במועדון "האריות" במבשרת ציון ואף זכה במדליית ארד ארצית. יהונתן לא אהב כל כך ללמוד, למרות שהיה ילד סקרן וחכם. הוא תמיד חזר על הטענה ש"בגרויות אפשר להשלים – וילדות לא". המוזיקה הייתה האהבה הגדולה שלו. יהונתן ניגן בחצוצרה ואח"כ בגיטרה קלאסית וחשמלית. אחרי הצבא עבד כברמן בבר ה"אמפריאל" במלון "כרמים", כדי לחסוך כסף לקראת הטיול הגדול בדרום אמריקה. כתבה אימו: "כמה אירונית העובדה שהמשפט שליווה את הבר היה: FIND WHAT YOU LOVE AND LET IT KILL YOU כשמצא את מותו דווקא בפסטיבל מוזיקה". יהונתן אהב מאוד אופנועים וקעקועים והקדיש קעקוע לכל אחד מבני המשפחה. לאמא לימור הקדיש קעקוע של השיר של שלמה ארצי "מלך העולם" שנהגה לשיר לו מאז שהיה ילד: "אמא שם שומרת גם כשאתה גדול, מחליפה לך בגדים, אומרת שאתה מלך הגברים. בשבילה אתה יכול להיות מה שבא לך לראש למשל..." והיה עוד קעקוע אחד, שהיה המוטו שלו ושבו האמין מתוך ההבנה שהמסע שלנו בעולם קצר ושאסור לבזבז זמן: MOMENTO MORI MOMENTO VIVERE, כלומר: תזכור לחיות, תזכור שיום אחד תמות. כאוהב מוזיקה מושבע, נסע יהונתן לבלות בפסטיבל "סופרנובה" שנערך סמוך לקיבוץ רעים. הפסטיבל התקיים ביום שישי, ערב שמחת תורה כ"א בתשרי תשפ"ד, 6 באוקטובר 2023. עם חברים רבים ועוד 3,000 חוגגים, חבריו מספרים שיהונתן אמר באותו הערב שזהו היום המאושר בחייו.
למחרת, ביום שבת ה-7 באוקטובר, בשעה שש וחצי בבוקר, פתח ארגון הטרור חמאס במתקפת פתע על ישראל. כשירו ירי מסיבי של טילים ורקטות מרצועת עזה לעבר יישובי הדרום. גדר הגבול נפרצה מהים מהקרקע ומהאוויר ומחבלי החמאס החלו במתקפה רצחנית על יישובי עוטף עזה ובכללם קיבוצים, מושבים, הערים הסמוכות (שדרות, אופקים, נתיבות), בסיסי צה"ל, ובמסע הטבח האכזרי לא פסחו גם על החוגגים בפסטיבל ה"נובה". המחבלים רצחו כשמונה-מאות אזרחים ואזרחיות. התעללו, אנסו, בזזו, החריבו ושרפו כל מה ומי שנקרה בדרכם ובכללם ילדים ותינוקות. למעלה משלוש-מאות חיילים, שוטרים וחברי כיתות הכוננות המקומיות נפלו בקרב. לאחר מטח הטילים, נפסקה המוזיקה בפסטיבל והחל ירי על המשתתפים. במהלך המנוסה ההמונית לכיוון היציאה. כשיהונתן ושני חברים נוספים שמו פעמיהם לכיוון המכונית, הוא ראה בחורה שהייתה בהתקף חרדה אחרי שאיבדה את החברים שאיתם הגיעה. יהונתן לקח אותה איתו והחמישה נכנסו למכונית. הם הצליחו לנסוע מטרים ספורים כשהמחבלים ירו לעברם. החמישה פתחו את הדלתות וניסו לברוח ולמצוא מקום להסתתר. בתום ארבעה ימים מורטי עצבים, הגיעה הבשורה הנוראה מכול. יהונתן והבחורה שניסה להציל נמצאו זה לצד זו, ללא רוח חיים כשהם ירויים בראשם. יהונתן היה בן 23 בהירצחו. הובא למנוחות בבית העלמין בהר אדר, היישוב שבו גדל. הותיר אחריו הורים, אחות ואח. למעלה מאלף איש ליוו אותו בדרכו האחרונה. על מצבתו כתבו אוהביו: "יפה תואר ויפה מראה, אח ובן לתפארת, אוהב אדם, גיבור". והוסיפו קטע מתוך השיר "הקיץ האחרון" שכתב מקס גת מור, שכל כך אפיין את יהונתן: "אני רוצה לטפס על ההרים כי הם שם, ולבקר במדינות מעבר לים, לדעת אם יש צורות חיים אחרות, ואם המתים ממשיכים לחיות. תזכרו שהבטחתם לא לבכות, כי השמיים גדולים והדמעות קטנות. תעצמו את העיניים כל גשם ראשון ותחשבו עלי". במהלך השבעה הגיעו מנחמים רבים, בהם אביתר בנאי ושלמה ארצי שניגנו ושרו את השירים שיהונתן אהב לנגן.